با توجه به اجرای مرحله ای قانون پایان های فروشگاهی و سامانه مودیان، تا پایان اجرای قانون فوقالذکر، مودیان مشمول نظام مالیات بر ارزش افزوده هچنان مکلف به تسلیم اظهارنامه مالیات بر ارزش افزوده در اجرای ماده (۱۲) این قانون می باشند و سازمان امور مالیاتی کشور نیز برابر مقررات نسبت به رسیدگی به اظهارنامه های مذکور اقدام خواهد نمود.

ماده ۱۲‌- عرضه‌کنندگان کالاها و خدمات که به موجب این قانون و سایر قوانین از مالیات و عوارض معاف می‌باشند و همچنین فعالان اقتصادی مستقر در مناطق آزاد تجاری‌- صنعتی و مناطق ویژه اقتصادی که حجم معاملات سالانه آنها از مبلغی که به پیشنهاد سازمان به تأیید هیأت وزیران می‌رسد، بیشتر باشد، مکلف به عضویت و ثبت معاملات در سامانه مؤدیان هستند. این حکم شامل کلیه مناطق کشور از جمله مناطق آزاد تجاری‌- صنعتی و مناطق ویژه اقتصادی می‌شود. متخلفان از حکم این ماده ‌علاوه بر جریمه موضوع بند «ب» ماده ‌(۲۲) قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان مشمول جریمه‌ای معادل نه درصد (۹%) ارزش معاملات ثبت نشده در سامانه مذکور می‌شوند. آیین‌نامه اجرائی این ماده ‌در خصوص مناطق آزاد تجاری‌- صنعتی و مناطق ویژه اقتصادی ظرف سه‌ماه پس از ابلاغ این قانون به پیشنهاد سازمان و دبیرخانه شورای‌عالی مناطق آزاد تجاری‌- صنعتی و مناطق ویژه اقتصادی تهیه می‌شود و به‌تصویب هیأت وزیران می‌رسد.

ماده ۲۲ قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان :

تخلفات و حسب مورد، جریمه های متعلقه به شرح زیر خواهد بود:

الف ـ عدم صدور صورتحساب الکترونیکی، معادل ده درصد (۱۰%) مجموع مبلغ فروش انجام شده بدون صدور صورتحساب الکترونیکی یا بیست میلیون (۲۰.۰۰۰.۰۰۰) ریال، هر یک که بیشتر باشد.

ب ـ عدم عضویت در سامانه مودیان، عدم استفاده از پایانه فروشگاهی، عدم استفاده از حافظه مالیاتی، استفاده از حافظه مالیاتی متعلق به سایر مودیان، یا واگذاری حافظه مالیاتی خود به دیگران، معادل ده درصد (۱۰%) مجموع مبلغ فروش انجام شده از آن طرق، یا بیست میلیون (۲۰.۰۰۰.۰۰۰) ریال، هر یک که بیشتر باشد و محرومیت از اعمال معافیت های مالیاتی، نرخ صفر و مشوقهای موضوع قانون مالیات های مستقیم در همان سال مالی.

پ ـ عدم اعلام شماره حساب یا حسابهای بانکی واحد اقتصادی که گردش مالی واحد از طریق آن یا آنها انجام می شود به سازمان، معادل ده درصد (۱۰%) مجموع مبلغ فروش انجام شده از طریق آن حساب یا بیست میلیون (۲۰.۰۰۰.۰۰۰) ریال، هر یک که بیشتر باشد و محرومیت از اعمال معافیت های مالیاتی، نرخ صفر و مشوقهای موضوع قانون مالیات های مستقیم در همان سال مالی.

ت ـ عدم تحویل صورتحساب چاپی به خریدار، حذف یا مخدوش کردن صورتحساب، معادل دو درصد (۲%) مبلغ صورتحساب های مذکور یا معادل بیست میلیون (۲۰.۰۰۰.۰۰۰) ریال هر یک که بیشتر باشد.

ث ـ عدم رعایت احکام مذکور در مواد ۱۲، ۱۳ و ۱۴ این قانون، معادل یک درصد (۱%) مبلغ فروش  گزارش نشده یا معادل ده میلیون (۱۰.۰۰۰.۰۰۰) ریال، هر یک که بیشتر باشد.

تبصره ۱ـ مبلغ جریمه ­های ثابت مندرج در این قانون، متناسب با نرخ تورم سالانه بر اساس آخرین اعلام بانک مرکزی، هر سال توسط سازمان اعلام می شود.

تبصره ۲ـ سازمان نمی تواند بیشتر از پنجاه درصد (۵۰%) جریمه های موضوع این ماده را مطابق ماده ۱۹۱ قانون مالیات های مستقیم مورد بخشودگی قرار دهد.

تبصره ۳ـ در صورت اعمال جریمه­ های موضوع بندهای «الف» و «ث» این ماده، جریمه موضوع ماده ۱۶۹ قانون مالیات های مستقیم اعمال نمی شود. در صورت اعمال جریمه های مذکور در بند«ب»، جریمه های مذکور در بندهای «الف» و «ت» اعمال نمی شود.